CRwiki

Slurm - to system zarzadzania zasobami. Dzieki jego uzyciu nie dopuszcza sie do sytuacji kiedy wiele procesow obliczeniowych tego samego lub roznych uzytkownikow / uzytkowniczek probuje uzyc tych samych zasobow ( rdzenie, pamiec, dysk, … ) co moze doprowadzic do znacznego wydluzenia czasu ich wykonania, lub wrecz ich przerwania. Inne podobne programy to LSF, PBS/Torque, SGE ich porownanie mozna znalezc [tu.]

W Slurm :

  partycja (ang. partition) - grupa wezlow obliczeniowych. Na klastrze moze istniec wiecej niz jedna partycja. Jeden wezel obliczeniowy moze nalezec do kilku partycji.
  zadanie obliczeniowe (ang. job) - m.in. skrypt z zadaniem obliczeniowym, ktory czeka na wykonanie lub jest wykonywany.
  kolejka (ang. queue) - grupa zadan obliczeniowych, ktore sie wykonuja i/lub czekajacych na wykonanie

Polecenie sinfo wyswietla informacje o dostepnych partycjach i zasobach. Na ponizszym przykladzie widac ze na anthill23 sa dostepne 4 partycje long, medium, short, test. Kazda z partycji ma inny maksymalny czas wykonywania zadania (TIMELIMIT : long - 6 dni, medium - 3 dni, short - 1 dzien, test - godzina i 30 minut). Widoczne jest takze, ze wszystie wezly obliczeniowe sa w obecnie dostepne (STATE : down - niedostepne, mix - czesc z zasobow wezla jest wykorzystywana, alloc - wszystkie zasoby wezla sa wykorzystywane, idle - wezly oczekujace na zadania).

[anowak@anthill23 tmp]$ sinfo 
PARTITION AVAIL  TIMELIMIT  NODES  STATE NODELIST
long         up 6-00:00:00     10   idle ant[007-008,602-609]
medium       up 3-00:00:00     10   idle ant[007-008,602-609]
short        up 1-00:00:00     10   idle ant[007-008,602-609]
test*        up    1:30:00     10   idle ant[007-008,602-609]
[anowak@anthill23 tmp]$

Podglad aktualnie wykonywanych i czekajacych na wykonanie zadan obliczeniowych mozliwy jest za pomoca polecenie squeue. Zadania w kolumnie ST (STATUS) moga byc w stanie: R oznacza zadanie ktore sie wykonuje (RUNNING), wartosc PD oznacza zadanie oczekujace na rozpoczecie wykonywania (PENDING), sa to dwa najczesniej spotykane statusy zadania.

[anowak@anthill23 tmp]$ squeue 
  JOBID PARTITION     NAME     USER ST       TIME  NODES NODELIST(REASON)
  60589      long   1xi5_A  prubach PD       0:00      1 (Priority)
  60590      long   3kls_A  prubach PD       0:00      1 (Priority)
  60591      long   3km9_A  prubach PD       0:00      1 (Priority)
...
  60571      long   5l9u_A  prubach PD       0:00      1 (Resources)
  60580      long   6b3r_A  prubach PD       0:00      1 (Priority)
  60560      long   1vw1_A  prubach  R 1-21:12:51      1 ant007
  60561      long   1vw2_F  prubach  R 1-21:12:51      1 ant008
  59295      long make_kno  prubach  R 5-07:54:11      1 ant607
[anowak@anthill23 tmp]$

Polecenie scancel sluzy do zakonczenia zadania, ktore znajduje sie w kolejce. Najpierw wydajemy polecenie squeue w celu poznania numeru zadania (kolumna JOBID), ktore chcemy zatrzymac. A nastepnie np. w celu zatrzymania zadania o numerze 59295 wydajemy polecenie :

[anowak@anthill23 tmp]$ scancel 59295

Krotkie zadania, kompilacje oprogramowania, testy itp. zwykle wykonuje sie w trybie interaktywnym. Ponizej przyklad uruchomienia sesji interaktywnej z alokacja 2 rdzeni i 1GB pamieci w trybie interaktywnym. Jak widac, slurm przydzielil te zasoby na wezle obliczeniowym ant007. Nalezy pamietac zeby zakoczyc tryb interaktywny poleceniem exit dzieki temu zasoby wezla zostana zwolnione.

[anowak@anthill23 tmp]$ srun --ntasks=2 --mem=1G --pty bash -l
anowak@ant007 tmp:~$ hostname
ant007
anowak@ant007 tmp:~$ exit
logout
[anowak@anthill23 tmp]$

Najczesciej wykorzytywany tryb rezerwowania zasobow klastra. Polega na przygotowaniu skryptu, ktory przekazujemy do wykonania na klastrze poleceniem sbatch. Cecha charakterystyczna takiego skryptu (te pliki nazywane sa batch-ami), jest to ze w ich naglowku dodaje sie dyrektywy #SBATCH, ktore sluza do alogowania zasobow, z ktorych skrypt ma korzystac.

#SBATCH --ntasks=2                # liczba rezerwowanych rdzeni
#SBATCH --mem=400M                # calkowita ilosc zarezerowanej pamieci (400 MB)
#SBATCH --partition=short         # nazwa partycji na ktorej ma byc wykonany skrypt
#SBATCH --job-name="gromacs test" # nazwa dla zadania wsadowego widoczna przy przegladaniu kolejki
#SBATCH --time=2-3:20             # limit czasu zadany dla zadania, w formacie (D-HH:MM) : 2 dni, 3 godziny, 20 minut
#SBATCH --time=100:30:20          # limit czasu zadany dla zadania, w formacie (HH:MM:SS) : 100 godzin, 30 minut, 20 sekund
#SBATCH --output=test-%A.output   # sluzy do zmiany domyslnego formatu wyjscia programow uruchamianych za pomoca sbatch, '%A' zostanie zastapione nr zadania

W pelni funkcjonalne przyklady plikow batch mozna znalezc tu.